16آزمايشگاه آسيب شناسي از واحدهاي پاراكلينييكي بيمارستان بوده كه در طبقه اول در مجاورت آزمايشگاه باليني واقع شده كه بعد از نمونه برداري از بيماران به بررسي پاتولوژيكي بيماري (تشخيص بيماري) مي پردازد اين واحد فعلاً از سه قسمت مجزا تشكيل شده است.

  1. واحد پاس واتوپسي
  2. واحدآماده سازي – تشخيص ميكروسكپي (اتاق پاتولوژيست)- اتاق كار
  3. واحد پذيرش – پاپ اسمير- سيتوپاتولوژي

و عمده ترین فعالیت های این واحد تهیه و بررسی لام از نمونه های ارسالی از بخشها و اتاق عمل، تهیه و بررسی لام از مایعات حفرات بدن مثل آسیت و پلور، نمونه برداری سوزنی، FNA از تمام توده های قابل دسترس بدن از جمله  تیروئید و پستان تشخیص گذاری ونمونه برداری زنان (اسمیر واژینال) تشخیص گذاری  وگزارش کتبی آنها می باشد.