16آزمایشگاه آسیب شناسی از واحدهای پاراکلینییکی بیمارستان بوده که در طبقه اول در مجاورت آزمایشگاه بالینی واقع شده که بعد از نمونه برداری از بیماران به بررسی پاتولوژیکی بیماری (تشخیص بیماری) می پردازد این واحد فعلاً از سه قسمت مجزا تشکیل شده است.

  1. واحد پاس واتوپسی
  2. واحدآماده سازی – تشخیص میکروسکپی (اتاق پاتولوژیست)- اتاق کار
  3. واحد پذیرش – پاپ اسمیر- سیتوپاتولوژی

و عمده ترین فعالیت های این واحد تهیه و بررسی لام از نمونه های ارسالی از بخشها و اتاق عمل، تهیه و بررسی لام از مایعات حفرات بدن مثل آسیت و پلور، نمونه برداری سوزنی، FNA از تمام توده های قابل دسترس بدن از جمله  تیروئید و پستان تشخیص گذاری ونمونه برداری زنان (اسمیر واژینال) تشخیص گذاری  وگزارش کتبی آنها می باشد.